Dyrygent i kompozytor. Absolwent ZPSM im. Grażyny Bacewicz w Warszawie. Ukończył studia magisterskie na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w specjalności dyrygentura chóralna w klasie prof. Ryszarda Zimaka oraz w specjalności kompozycja w klasie prof. Pawła Łukaszewskiego.
W 2012 r. z inicjatywy Jakuba Szafrańskiego powstał Męski Zespół Wokalny Foyer, którego był dyrygentem i kierownikiem muzycznym. Obecnie pracuje jako II dyrygent Chóru Szkoły Głównej Handlowej w Warszawie (SGH) oraz jako II dyrygent i kompozytor w Archikatedralnym Chórze Męskim Cantores Minores. W 2016 r. prowadzony przez niego Żeński Chór SGH zdobył I miejsce na I Międzynarodowym Konkursie Cantu Gaudeamus w Białymstoku. Ten sam zespół pod jego kierownictwem zajął II miejsce (pierwszego nie przyznano) podczas The International May Choir Competition Prof. Georgi Dimitrov – Varna w kat. Chóry jednorodne (2017). Jako dyrygent prowadzi także seniorski chór „Uśmiech” w Domu Kultury Śródmieście w Warszawie, a w ramach projektów współpracował między innymi z chórem Szkoły Wyższej Psychologii Społecznej, chórem Allegreza del Canto, chórem Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina i wieloma innymi.
Jakub Szafrański prowadzi także działalność naukową. W swoich badaniach skupia się na polskiej muzyce chóralnej z okresu 20-lecia międzywojennego oraz współczesnych technikach kompozytorskich stosowanych w muzyce chóralnej (temu tematowi poświęcił swoją pracę doktorską). W 2013 r. na podstawie rękopisów zgromadzonych w BUW zrekonstruował Missa pro defunctis J.A. Maklakiewicza, a w kwietniu tego samego roku poprowadził z męskim zespołem wokalnym Amici powojenne prawykonanie tejże kompozycji w kościele św. Marcina w Warszawie.
W 2015 r. założył Koło Artystyczno-Naukowe Dyrygentury Chóralnej na UMFC. Od 2017 r. pracuje jako pedagog w macierzystej uczelni. Prowadzi także działalność edukacyjną poza uniwersytetem, organizując warsztaty chóralne i cykl koncertów „Klasycznie Niepoważni” w Domu Kultury KADR.
Kompozycje Jakuba Szafrańskiego są wykonywane podczas koncertów i festiwali na całym świecie. Jako kompozytor był wielokrotnie nagradzany podczas konkursów, m.in. otrzymał I nagrodę podczas 57. Konkursu Młodych Kompozytorów im. Tadeusza Bairda. Jego twórczość znalazła się w repertuarze wielu polskich i zagranicznych zespołów, jak m.in.: Orkiestra Muzyki Nowej, sekstet wokalny proMODERN, Art’n’Voices, Voces8, The Choir of Trinity College Cambridge, Poznański Chór Kameralny, Polski Chór Kameralny, Kammerchor Hannover, World Youth Choir czy Janua Muzika z Wilna. Utwory Jakuba Szafrańskiego zostały wydane przez Schott Music GmbH & Co. KG Weihergarten, Walton Music, Ars Musica, Polska Muzyka Chóralna XXI, wiele z nich zostało także zarejestrowanych i wydanych na płytach CD.
Od stycznia 2022 roku jest kierownikiem Zespołu Wokalnego Polskiej Opery Królewskiej.
